蛋白质是生命活动的执行者，大多数功能性蛋白需要在翻译完成后经历一系列化学修饰过程，即“翻译后修饰（Post-translational Modifications, PTMs）”，以获得空间构象、亚细胞定位、功能状态上的精细调控。这些修饰不仅扩展了蛋白质的结构与功能多样性，更

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生命科学研究不断迈向单细胞层面，单细胞蛋白质组学（single-cell proteomics, SCP）正成为揭示细胞异质性、解析复杂生物过程的重要工具。尽管单细胞转录组已广泛应用，但由于mRNA水平与蛋白表达之间并不总是高度相关，直接在蛋白水平上进行测量对于理解真实的细胞功能状态至关重要。 质

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单细胞蛋白质组学（single-cell proteomics, SCP）是近年来蛋白质组学领域的一项重要进展，正在成为理解生物系统多样性、细胞功能和疾病机制的强大工具。然而，由于单细胞样本的特殊性，单细胞蛋白质组学仍面临一系列技术与操作上的挑战。如何应对这些挑战，提升数据的精准度和可靠性，已经成为

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生物学研究已从传统的群体平均水平转向更加精细的单细胞层面。单细胞蛋白质组学（single-cell proteomics, SCP）作为研究细胞异质性、动态变化和细胞功能的重要工具，正以前所未有的速度推动系统生物学的进展。尤其是高通量单细胞蛋白质组学的出现，不仅突破了蛋白质组学的技术瓶颈，还为揭示复

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单细胞RNA测序（RNA-seq）和单细胞蛋白质组学（single-cell proteomics）是探索细胞功能、异质性和生物学过程的两项核心技术，它们为解码生命现象提供了精确的数据。然而，单独依赖RNA-seq或蛋白质组学并不能完整描绘细胞的生物学特征，因为RNA水平并不总是与蛋白质表达及其功能

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在大规模蛋白质组学研究中，数据独立采集（DIA, Data-Independent Acquisition）技术因其高通量、高重现性和数据完整性，已成为主流。然而，DIA的发展也催生了多种策略，其中以GPF-DIA（Gas Phase Fractionation DIA）与Direct DIA（直接

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在蛋白组学研究中，选择合适的质谱采集方式是获得高质量数据的关键。目前，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra）与DDA-MS（Data-Dependent Acquisition）是

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在蛋白质组学研究中，蛋白质定量是理解生物系统动态变化的核心手段。随着质谱技术的发展，iTRAQ、SILAC 和无标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）成为主流的三种定量策略。它们各具特点，适用于不同实验需求。 一、iTRAQ：异位标记，实现高通量多样本比较 1、原

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无标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）技术因其流程简便、成本相对低廉、适用范围广泛，在基础生物学研究、疾病机制解析及生物标志物发现中被广泛采用。然而，LFQ数据处理复杂，涉及大规模质谱数据的特征提取、定量计算、差异分析及功能注释，研究者对数据处理工具的选择与使用尤

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SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra）作为基于数据独立采集（DIA）的质谱技术，近年来在蛋白组学研究中获得广泛应用。它以出色的重现性、高通量和广覆盖性，成为大规模样本定量分析的重要技术选择。而Op

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